Paulini, żyjący według surowej reguły św. Augustyna, jeszcze do ubiegłego wieku zachowywali specjalny rodzaj pochówku, pozbawiony nagrobków ziemnych. Zmarłego wystawiano w skromnej, drewnianej trumnie w kościele, żeby można było pożegnać się z nim i odprawić nabożeństwo żałobne, po czym znoszono ciało do podziemi, gdzie układano je na desce z kamieniem pod głową i zamurowywano w niszach. Po około stu latach wnęki opróżniano, a prochy wsypywano do specjalnych urn.

- Schodząc do krypty zobaczyć można ołtarz, który znajduje się bezpośrednio pod Kaplicą Matki Bożej a obok ołtarza, po jednej i po drugiej stronie, umieszczone są urny, czyli ceramiczne naczynia, do których zsypywano prochy zmarłych paulinów - przypomniał o. Stanisław Rudziński, kurator jasnogórskich zbiorów sztuki wotywnej.

W najbardziej zaszczytnym miejscu, pod ołtarzem Matki Bożej, spoczęły zwłoki o. Augustyna Kordeckiego, bohaterskiego obrońcy klasztoru. W drugiej połowie XX w. jego prochy przeniesione zostały do szklanej niszy w lewej ścianie Kaplicy.

Krypta należy do jednych z najstarszych miejsc w jasnogórskim sanktuarium. Jest na pewno starsza niż sama Kaplica Matki Bożej, której znany nam dzisiaj kształt nadano w XVII wieku. Powstała być może nawet już w XV wieku.

Przez wieki miejsce to przebudowywano. W jasnogórskich kronikach zapisano informację o trwającym siedem godzin nabożeństwie żałobnym odprawionym 13 października 1836 roku, podczas którego do wspólnego grobu złożono prochy pochowanych tam wcześniej paulinów. Powstały nowe nisze, w których spoczęli m.in. o. Pius Przeździecki, generał Zakonu Paulinów w okresie II wojny światowej oraz o. Piotr Markiewicz, przeor Jasnej Góry w czasie I wojny światowej i późniejszy wieloletni generał Zakonu.

Od drugiej połowy ubiegłego wieku mnichów z Jasnej Góry nie chowa się już w krypcie. Grzebani są na częstochowskim cmentarzu św. Rocha.

Dziś 2 listopada, w Dzień Zaduszny, w krypcie paulini odprawiają Msze św. w intencji zmarłych współbraci. Ołtarz ustawiony jest w miejscu, gdzie niegdyś składano prochy mnichów. Zakonnicy podkreślają, że modlitwy za tych, którzy odeszli z tej ziemi są spłacaniem długu wdzięczności wobec minionych pokoleń.

Jasnogórska krypta cieszy się dużym zainteresowaniem pielgrzymów. Jak szacują paulini, każdego roku do podziemi schodzi kilkanaście tysięcy osób. Mimo trwającego w tzw. przybudówce remontu dojście do kryp jest zachowane i udostępnione wiernym. Jasna Góra od początku istnienia pełniła także funkcję nekropolii. Istnieje co najmniej osiem wejść do jasnogórskich krypt: cztery w Kaplicy Matki Bożej i cztery w bazylice, ale z pewnością nie są to wszystkie miejsca pochówków. - Podziemia Jasnej Góry to właściwie jedno wielkie cmentarzysko. Także dzisiejsze krużganki, tzw. Wieczernik, to miejsce dawnego cmentarza – przypomina o. Rudziński.

Do bazyliki jasnogórskiej przylegają dwie prywatne kaplice grobowe: Denhoffów i Jabłonowskich. Kaplica Aniołów Stróżów została przebudowana w latach 1751-54 r. na mauzoleum grobowe Stanisława Jabłonowskiego, wojewody rawskiego. Natomiast Kaplica św. Pawła I Pustelnika to mauzoleum grobowe rodziny Denhoffów. W krypcie pod kaplicą znajduje się około 20 trumien z wieku XVII i XVIII z prochami członków rodziny Denhoffów. Tam także spoczywają też prochy kilku mnichów paulińskich.

W Sanktuarium szczególna modlitwa za zmarłych potrwa przez cały listopad. Msza św. z wypominkami odprawiana jest w bazylice o godz. 7.00.

Zgodnie z paulińską tradycją przez trzy kolejne dni, począwszy od 3 listopada, w Kaplicy Matki Bożej, odprawiane będą msze św. wspólnotowe za zmarłych: ojców i braci; rodziców i krewnych, a 5 listopada - za pielgrzymów, przyjaciół i dobrodziejów Jasnej Góry.