Jak doszło do powstania parafii? Ks. proboszcz Ryszard Domin w jednym z wywiadów wspomina: „Sam pomysł powstania parafii zrodził się w dość niezwykłych okolicznościach. 7 czerwca 1999 r. bp Andrzej Suski przedstawił Papieżowi Janowi Pawłowi II architekta ołtarza papieskiego inż. Andrzeja Ryczka. Ojciec Święty, mając na uwadze dalsze losy pięknie prezentującej się konstrukcji ołtarza, zapytał: Czy tylko na dzisiaj? To właśnie pytanie wywołało myśl, by na planie ołtarza zbudować świątynię pw. bł. ks. Stefana W Frelichowskiego”. W dekrecie z 31 sierpnia 1999 r. biskup toruński Andrzej Suski erygował z dniem 8 września 1999 r. parafię, a proboszczem mianował ks. Ryszarda Domina. W tym dniu, w święto Narodzenia Najświętszej Maryi Panny, na pożyczonym stole, na porośniętej krzewami i trawą łące ks. Ryszard sprawował pierwszą Mszę św. Za sprawą Opatrzności Bożej i dzięki wstawiennictwu bł. Stefana W. Frelichowskiego - wspomina ks. Ryszard - niemal od razu udało się zamieszkać wśród swoich parafian w domku gospodarczym przy ul. Szubińskiej. Obok domu stanął ołtarz polowy, najpierw pod gołym niebem, potem zadaszony. W końcu powstała kaplica, na którą składały się dwa wojskowe namioty. Rozpoczęły się pierwsze prace związane z budową kościoła. W rocznicę erygowania parafii bp Andrzej Suski poświęcił plac pod budowę kościoła, a od Bożego Narodzenia 2000 r. nabożeństwa odprawiane były w murowanej kaplicy obok, w której zainstalowano część duszpasterską i mieszkalną. Wreszcie 7 września 2002 r. bp Józef Szamocki wmurował pierwszą kolumnę projektowanego kościoła i kamień węgielny poświęcony przez Jana Pawła II. Ruszyła budowa świątyni i dzisiaj możemy oglądać efekty.
W niedzielę, 30 sierpnia br., podczas Mszy św. o godz. 12.30 wierni z parafii pw. bł. ks. Stefana W. Frelichowskiego oraz przybyli goście dziękowali Bogu za 10 lat istnienia parafii. Mszy św. koncelebrowanej przewodniczył ks. Dariusz Żurański, który na wstępie zaznaczył, że na pewno nie było łatwo na początku, ale dziś, kiedy patrzy się na efekty prac, serce rośnie. Podczas dziękczynienia w murach budującej się świątyni podziękowano Bogu za dar beatyfikacji, za ludzi dobrej woli, którzy swoją modlitwą i ofiarą wspierali, i nadal wspierać będą budowę świątyni. Zgromadzeni na uroczystości prosili też o siły dla Ks. Proboszcza, architekta inż. Andrzeja Ryczka, dla wszystkich zaangażowanych w budowę, aby dzięki ich pracy i wysiłkowi wznosiła się na chwałę Bożą i dla pożytku ludu Bożego świątynia „u wrót Torunia”. Aby patrząc na to dzieło ludzie „widzieli dobre czyny w nas i chwalili Ojca, który w niebie jest”.
W wygłoszonej homilii ks. Dariusz Żurański podkreślił, że wznosząc świątynię należy także budować kościół duchowy. „Cóż nam po wspaniałych świątyniach, jeżeli nie będzie w nich wiernych chwalących Boga” - pytał kaznodzieja. Wskazując na bł. ks. Stefana W. Frelichowskiego ks. Dariusz zaznaczył, że powołaniem człowieka jest świętość. To pragnienie świętości już w 17. roku życia stało się zasadniczym wyborem ks. Stefana („muszę sobie wyrobić silny charakter, wolę nieugiętą, będę uparty, tak uparty jak byli święci”). Raz dokonawszy wyboru, ciągle wybierał świętość jako główny cel swoich dążeń, które prowadziły go do pełnego oddania się Bogu w miłości. To pragnienie świętości i przynależności do Boga ks. Stefan W. Frelichowski wypełnił przebywając za drutami obozów. W sytuacji zagrożenia życia ujawniła się jego prawdziwa miłość do Boga i ludzi. Kiedy 23 lutego 1945 r. zakończył swoje ziemskie życie, współwięźniowie mieli przekonanie, że odszedł ktoś wyjątkowy. Dowodem tego było to, że już w obozie naszkicowano podobiznę ks. Frelichowskiego, wykonano maskę pośmiertną i wyciągnięto kostki z palców na relikwie. „Możemy być dumni z takiego Patrona” - mówił ks. Dariusz. „Dzisiaj, kiedy w świecie tyle egoizmu i zła, kiedy człowiek dla człowieka staje się wilkiem, bł. ks. Stefan pokazuje, że może być inaczej - człowiek może być dla człowieka bratem, bliźnim, który pochyli się nad cierpiącym i przyniesie ulgę w niedoli. Współcześnie ucieka się od cierpienia. Chce się je wyeliminować z życia społecznego, a bł. ks. Stefan pokazuje, że warto podjąć trud cierpienia, gdyż ono przybliża do Boga. Pokazuje, że mimo osobistych cierpień można nieść pomoc i otuchę drugiemu człowiekowi. Bł. ks. Stefan przekonywał towarzyszy udręki obozowej, że ich cierpienia nie pójdą na marne” - mówił ks. Żurański. Na zakończenie Mszy św. ks. Ryszard Domin odmówił modlitwę o rychłą kanonizację bł. ks. Stefana W. Frelichowskiego oraz o beatyfikację sługi Bożego Jana Pawła II. Po zakończeniu Mszy św. uczestnicy uroczystości udali się na plac przy kościele, gdzie Ksiądz Proboszcz zasadził sosnę - dar leśników - poświęconą przez Papieża Benedykta XVI, a następnie odbył się festyn parafialny. Wspólne świętowanie zakończyło się o godz. 21.00 odśpiewaniem Apelu Jasnogórskiego.